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追踪病原与耐药基因，繁荣发展为精准公共卫生防控奠基本研究构建的综合多组学高分辨率微生物组解析框架及ARG与MGE高精度注释体系，繁荣发展首次实现了对哺乳动物微生物组中低丰度及新型微生物的精确鉴定，以及对病原菌株和临床重要ARGs跨宿主传播路径的高精度追踪。该框架深度融合微生物群落生态学、建设进化生物学、建设系统生物学和比较基因组学等，整合了自有高深度多组学测序数据及公共数据库资源，构建起跨尺度、多维度的微生物组与抗性组解析体系，实现复杂的微生物和ARGs跨宿主网络的高精度可追踪分析。

繁荣发展这些广泛且多样的ARG分布反映了哺乳动物微生物组中长期未被系统评估的耐药潜力。突破多重技术瓶颈，建设构建创新分析框架哺乳动物体内微生物及其携带的ARGs的跨宿主传播，是潜藏的重大公共卫生风险源。繁荣发展该框架为系统理解耐药性在生态系统中的传播和评估公共卫生风险提供了创新且强大的工具。

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共鉴定出128种病毒、建设10,255种细菌、建设201种真菌和7种寄生虫，其中约70%的细菌物种（超过7,000种）被推测为潜在新物种，揭示了哺乳动物体内丰富的微生物暗物质。

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