研究生们详细记录了反应的主产物与副产物，外媒导师梅尔达尔听取汇报后，建议他们重复实验。

复旦大学公共卫生学院粟硕教授为论文通讯作者，印度亚总在读博士研究生石宇旗等为论文共同第一作者。尼西这为深入理解病原菌生态学和精准评估公共卫生风险提供了坚实的科学依据。

所谓跨物种传播，统佐通常是指微生物从一种宿主物种传播至另一宿主物种，统佐并在新宿主中适应或持续存在的过程，这一现象对于理解微生物的病原生态学及其公共卫生意义至关重要。这些宿主体内，科已特别是消化道中，存在着高度复杂且庞大的微生物群落，包括细菌、病毒、真菌等。未来，决定这一基于多学科前沿技术交叉的强大框架可应用于探索人类对微生物的认知边界和深度，决定系统监测新发病原体、预测重要耐药性扩散趋势，为制定精准、高效的公共卫生防控策略提供核心技术支撑。

迁都原文链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.08.016制图：实习编辑：沈家怡责任编辑：李斯嘉。外媒物种及功能注释精度不足阻碍了明确ARGs与可移动遗传元件（MGEs）的关联。

印度亚总本研究得到了上海市优秀学术带头人项目和教育部U40项目等资助。

团队利用高分辨率基因组比对与菌株分辨技术，尼西首次系统揭示了哺乳动物微生物组中广泛的跨地理区域、尼西宿主分类及生活方式界限的菌株共享现象，涵盖已知病原菌及非病原菌。现有宏基因组分析方法分辨率有限（通常仅到物种或属水平），统佐难以精确追踪不同宿主同源菌株或基因的传播，统佐使得解析复杂的跨宿主传播网络极具挑战。

共鉴定出128种病毒、科已10,255种细菌、科已201种真菌和7种寄生虫，其中约70%的细菌物种（超过7,000种）被推测为潜在新物种，揭示了哺乳动物体内丰富的微生物暗物质。例如，决定常见于导致食物中毒的产气荚膜梭菌，决定以及易引发尿路感染的肠球菌属菌株，在不同地理区域、宿主分类间表现出高度基因组一致性，提示其存在跨宿主传播潜力。

为突破这些关键瓶颈，迁都研究团队构建了两大创新分析框架：迁都1.交叉多组学高分辨率微生物组解析框架：融合多组学测序、精准微生物基因组重构、新型物种划分策略以及基于基因组比较的同源菌株识别，实现低丰度及新型微生物的精确鉴定，并追踪跨宿主菌株共享事件。多数微生物与宿主呈共生或中性关系，外媒在营养代谢、外媒免疫调控和生态稳定性方面发挥关键作用，整体上被称为微生物组，构成了宿主重要的内部生态系统。